按照《北京市推动职能部门做好生态环境保护工作的实施意见》要求，根据北京市水务局“三定”规定和生态环境保护工作职责分工规定确定的相关职责，市水务局生态环境保护责任清单如下：
一、组织开展本市水资源保护工作。组织编制并实施水资源保护规划。指导饮用水水源保护有关工作，组织开展地下水开发利用和地下水资源管理保护以及地下水超采区综合治理。
二、负责本市生活、生产经营和生态环境用水的统筹和保障。负责水资源的统一配置调度和监督管理。组织实施最严格水资源管理制度，会同有关部门拟订水资源中长期规划和年度供求计划、水量分配方案并监督实施。负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度。
三、指导开展水资源有偿使用工作，参与水价管理、改革和水生态环境补偿的有关工作。
四、负责本市节约用水工作。拟订节约用水政策，组织编制节约用水规划，组织制定有关定额、标准并监督实施。组织实施用水总量控制、计划用水等管理制度，指导和推动节水型社会建设工作。
五、组织开展本市海绵城市建设工作。组织编制并实施推进海绵城市建设工作的规划、计划、政策，组织制定完善海绵城市建设相关技术标准、规程规范，会同有关部门统筹推进海绵城市建设工作。
六、指导本市水利设施、水域及其岸线的管理、保护与综合利用。指导河湖治理和保护。指导河湖水生态保护与修复、河湖生态流量水量管理以及河湖水系连通工作。
七、负责本市水土保持和水生态保护修复工作。拟订水土保持和水生态保护修复规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告。负责建设项目水土保持监督管理工作，组织重点水土保持建设和水生态保护修复项目的实施。监督指导水库、湖泊、河流等管理范围内湿地保护管理工作。
八、组织建设城乡污水处理和再生水设施，推进城镇雨污分流工程建设，完善污水收集系统。依法加强对城镇排水与污水处理设施运营情况监督管理和绩效考核，以及对城镇排水设施排放污水情况的监督管理。
九、负责本市河长制工作。拟订推进河长制工作的政策建议和工作任务，组织开展督查、考核。
十、完成市委、市政府交办的其他生态环境保护任务。